Zakres działania Funduszu Spójności obejmuje pomoc o zasięgu krajowym, a nie regionalnym jak to ma miejsce w przypadku funduszy strukturalnych. Początkowo wsparcie dla wybranych państw Wspólnoty zaplanowano na lata 1993-99, jednak na szczycie Unii Europejskiej w Berlinie postanowiono przedłużyć jego funkcjonowanie do 2006 roku.

Środki finansowe Funduszu Spójności są kierowane do państw członkowskich, w których produkt narodowy brutto (PNB) na jednego mieszkańca jest niższy niż 90% średniej w państwach Unii Europejskiej.
Projekty finansowane z Funduszu Spójności powinny być zgodne z postanowieniami Traktatów, przyjętymi zgodnie z nimi instrumentami oraz politykami wspólnotowymi łącznie z polityką ochrony środowiska, transportową, w dziedzinie sieci transeuropejskich, polityką konkurencji oraz polityką zamówień publicznych.

Finansowanie przedsięwzięć z Funduszu Spójności opiera się na zasadzie współfinansowania. Projekty inwestycyjne ubiegające się o dofinansowanie mogą być wsparte w ramach Funduszu Spójności maksymalnie do wysokości 85 % wydatków publicznych lub innych równoważnych wydatków. Strona polska musi zagwarantować środki na pozostałe finansowanie, z jednego lub kilku źródeł. W ramach jednego projektu nie można korzystać jednocześnie z Funduszu Spójności oraz funduszy strukturalnych. Pomoc doradcza może być finansowana ze środków Funduszu Spójności w 100%.

Od 2000 roku Polska korzysta z Przedakcesyjnego Instrumentu Polityki Strukturalnej (ISPA), który został utworzony na mocy Rozporządzenia Rady nr 1267/99 z 21 czerwca 1999 roku. Z chwilą przystąpienia do Unii Europejskiej, Polska jako państwo członkowskie przestanie być beneficjentem tego instrumentu, kierowanego do państw kandydujących. Wszystkie projekty zatwierdzone do finansowania w ramach ISPA będą kontynuowane w następnych latach jako projekty Funduszu Spójności.